Đảo Ambon nằm ngoài khơi bờ biển tây nam của một hòn đảo Seram lớn hơn nhiều. Ambon nằm ở phần phía bắc của biển Banda, và là một phần của chuỗi đảo núi lửa bao quanh biển này. Đảo có chiều dài 51 kilômét (32 dặm) và có hình dạng rất bất thường, gần như bị chia làm hai. Phần đông nam và một phần nhỏ hơn là một bán đảo (gọi là Leitimor) liên kết với phần phía bắc (Hitoe) bằng một dải đất hẹp. Thành phố Ambon nằm ở tây bắc của Leitimor, đối diện với Hitoe, và có một bến cảng an toàn ở vịnh Amboina.

Các đỉnh núi cao nhất là Wawani 1.100 mét (3.600 foot) và Salahutu 1.225 mét (4.019 foot), chúng có các suối nước nóng và cá miệng núi lửa phun khí sunfua điôxít. Đá hoa cương và đá serpentine chiếm ưu thế, song vùng bờ biển quanh vịnh Amboina có cấu tạo đá phấn, và có các hang động thạch nhũ.

Rừng mưa nhiệt đới bao phủ các khu vực hoang dã trên đảo Ambon, chúng là một phần của hệ sinh thái rừng mưa nhiệt đới Seram, cùng với đảo Seram lân cận. Seram, Ambon, và hầu hết quần đảo Maluku là một phần của Wallacea, một nhóm các hòn đảo của Indonesia tách biệt với lục địa châu Á và châu Úc bằng các vùng nước sâu, và chưa từng được kết nối bằng cầu lục địa với hai lục địa.

Do sự cô lập này, Ambon có một vài loài động vật có vú bản địa; các loài chim phong phú hơn. Tuy nhiên, hòn đảo lại có sự đa dạng về côn trùng, đặc biệt là các loài bướm. Các vỏ sò, vỏ hến thu được có số lượng lớn và đa dạng. Mai rùa cũng là một mặt hàng xuất khẩu.

Dân số trên toàn đảo (về mặt hành chính là Kota Ambon, Kecamatan Leihitu, Kecamatan Leihitu Barat, và Kecamatan Salahutu) bao gồm một hòn đảo nhỏ bé có dân cư thưa thớt ở phía bắc, là dưới 441.000 theo điều tra năm 2010.[2]